Kommunerne i hver region betaler for driften af regionens børnehus. Betalingen sker dels via objektiv finansiering (80 procent) og dels via et fast beløb for hvert barn eller ung fra kommunen, der gennemgår et forløb i børnehuset (20 procent).

Efter et endt børnehusforløb, har kommunen mulighed for at forskellige relaterede ydelser, herunder traumebehandling til det udredte barn i børnehuset. De relaterede ydelser i børnehuset er ikke en del af den objektive finansiering og der vil derfor være en forskel på taksterne.